Lahirnya Pascasarjana UIN Sumatera Utara tidak dapat dilepaskan dari sejarah perkembangan gerakan dan pemikiran ekonomi Islam di Sumatera Utara. Sejak tahun 1993, IAIN Sumatera Utara (saat ini telah menjadi UIN Sumatera Utara) menjadi salah satu lembaga pendidikan tinggi agama Islam pertama yang secara serius mengembangkan kajian ekonomi Islam. Pada tahun 1994, atas persetujuan Dirjen Dikti Depdikbud dan SK Menag
No. 285/1994 jo. 208/1997, UINSU diberi wewenang menyelenggarakan program strata dua (S2) dalam bidang Dirasah Islamiyah/Pengkajian Islam. Tiga tahun kemudian, Program Pascasarjana UINSU, berdasarkan SK Dirjen Binbaga Depag RI. No. E/293/1997, diizinkan membuka empat program studi sebagai pengembangan program Dirasah Islamiyah yang telah
ada. Program-program studi dimaksud adalah Pendidikan Islam, Hukum Islam, Ekonomi Islam dan Dirasah Islamiyah sendiri. Pada Tahun Akademik 2000/2001, Program Pascasarjana UINSU membuka Program Studi Dakwah dan Pengembangan Masyarakat dan menerima 17 orang mahasiswa. Program S2 Ekonomi Islam IAIN Sumatera Utara lahir pada tahun 2000 dengan jumlah mahasiswa angkatan pertama sebanyak 20 orang. Program S1 Ekonomi Islam lahir dua tahun setelah lahirnya S2, tepatnya tahun 2002 dengan jumlah mahasiswa pertama sebanyak 39 orang. Pada tahun 2006 dibuka pula program doktor dalam bidang Pendidikan Islam dan
Agama dan Filsafat Islam. Tahun 2010 dibuka pula program studi S3 Komunikasi Islam, kemudian S3 Ekonomi Islam dan terakhir program studi S3 Ilmu Hadis. Saat ini (2021) Program Studi S2 Ekonomi Syariah berada dibawah Fakultas Ekonomi Bisnis Islam UINSU